{"id":6498,"date":"2023-08-27T09:57:29","date_gmt":"2023-08-27T09:57:29","guid":{"rendered":"https:\/\/neuropediaclinic.com\/?p=6498"},"modified":"2023-09-11T09:47:17","modified_gmt":"2023-09-11T09:47:17","slug":"como-entender-un-informe-de-secuenciacion","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/neuropediatoolkit.org\/en\/como-entender-un-informe-de-secuenciacion\/","title":{"rendered":"How to understand a report of sequencing."},"content":{"rendered":"\n<p>Los informes de resultados de secuenciaci\u00f3n son documentos complejos llenos de datos alfanum\u00e9ricos dificiles de entender sin unas bases generales que nos ayuden a interpretarlos. Habitualmente nos centramos en la conclusi\u00f3n final, es decir, el hallazgo de una variante gen\u00e9tica determinada y su interpretaci\u00f3n de patogenicidad, es la parte de informaci\u00f3n m\u00e1s relevante cl\u00ednicamente, pero podemos obtener mucha m\u00e1s informaci\u00f3n si somos capaces de entender el cuerpo de texto y hacer uso de esta en las distintas bases de datos informatizadas. <\/p>\n\n\n\n<p>Para ello hemos de ser conocedores de que las variantes gen\u00e9ticas identificadas por secuenciaci\u00f3n hacen referencia a una posici\u00f3n de una base nitrogenada en el genoma (unas coordenadas). Para poder posicionar dicha base es necesario conocer el marco de referencia en el que nos basamos (desde donde contamos la posici\u00f3n).&nbsp;Este marco de referencia depende de varios factores. <\/p>\n\n\n\n<div id=\"wp-block-themeisle-blocks-accordion-e88a0505\" class=\"wp-block-themeisle-blocks-accordion exclusive\">\n<details class=\"wp-block-themeisle-blocks-accordion-item\"><summary class=\"wp-block-themeisle-blocks-accordion-item__title\"><div>Nomenclatura. HGVS. <\/div><\/summary><div class=\"wp-block-themeisle-blocks-accordion-item__content\">\n<p>En primer lugar deberemos entender que cambio se ha producido en el DNA, y que consecuencias produce en la prote\u00edna. Existe una nomenclatura internacional para hacer referencia a dicho cambio. El organismo internacional encargado de fijar las abreviaturas y t\u00e9rminos estandarizados para referirse a una variante o mutaci\u00f3n puntual se llama Human Genome Variation Society, y puede consultarse en internet <a href=\"http:\/\/varnomen.hgvs.org\/\">http:\/\/varnomen.hgvs.org\/<\/a><\/p>\n\n\n\n<p>Existen incluso herramientas inform\u00e1ticas que permiten la codificaci\u00f3n en nomenclatura est\u00e1ndar, a partir de la secuencia de nucle\u00f3tidos y la secuencia est\u00e1ndar con la que se compara.&nbsp;<\/p>\n\n\n\n<p>Las principales reglas utilizadas para nombrar una variante gen\u00e9tica son las siguientes:<\/p>\n\n\n\n<p>En primer lugar, para evitar confusi\u00f3n, la variante reportada debe de ser precedida por una letra que indique el tipo de DNA al que se refiere:<\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>\u00abc.\u00bb para una secuencia de ADN codificante. (como&nbsp; c.76A&gt;T)<\/li>\n\n\n\n<li>\u00abg.\u00bb para una secuencia gen\u00f3mica (como g.476A&gt;T)<\/li>\n\n\n\n<li>\u00abm.\u00bb para una secuencia mitocondrial (como m.8993T&gt;C)<\/li>\n\n\n\n<li>\u00abn.\u00bb para un ARN no codificante (un gen que produce un transcrito ARN pero no una prote\u00edna).<\/li>\n\n\n\n<li>\u00abr.\u00bb para una secuencia ARN (como r.76a&gt;u)<\/li>\n\n\n\n<li>\u00abp.\u00bb para una secuencia de prote\u00edna (como p.Lys76Asn)<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<p>En segundo lugar, sigue un n\u00famero que indica la posici\u00f3n del nucl\u00e9otido o el amino\u00e1cido que se ha alterado en la secuencia de referencia.<\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>&nbsp;c.76A&gt;T. en la posici\u00f3n 76 una adenina se ha modificado por una timina.<\/li>\n\n\n\n<li>&nbsp;p.Arg1543&gt;Lys. En la posici\u00f3n 1543 una arginina se ha modificado por una lisina.<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<p>En tercer lugar, es necesario indicar los cambios espec\u00edficos identificados en la secuencia.<\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>\u00ab&gt;\u00bb indica una sustituci\u00f3n a nivel del ADN (como c.76A&gt;T)<\/li>\n\n\n\n<li>\u00ab_\u00bb (gui\u00f3n bajo) indica un rango de res\u00edduos afectado, separando el primer y el \u00faltimo res\u00edduo de dicho rango (como c.76_78delACT)<\/li>\n\n\n\n<li>\u00abdel\u00bb indica una delecci\u00f3n (como c.76delA)<\/li>\n\n\n\n<li>\u00abdup\u00bb indica una duplicaci\u00f3n (como&nbsp; c.76dupA);<\/li>\n\n\n\n<li>\u00abins\u00bb indica una inserci\u00f3n (como c.76_77insG).<\/li>\n\n\n\n<li>las inserciones que en realidad son una duplicaci\u00f3n, se describen como duplicaciones, no como inserciones; el cambio de ACTTTGTGCC a ACTTTGTG<strong><u>G<\/u><\/strong>CC se describe como&nbsp; c.8dupG (no como c.8_9insG).<\/li>\n\n\n\n<li>\u00abinv\u00bb indica una inversi\u00f3n (como c.76_83inv)<\/li>\n\n\n\n<li>\u00abcon\u00bb indica una conversi\u00f3n (como c.123_678conNM_004006.1:c.123_678)<\/li>\n\n\n\n<li>\u00ab[]\u00bb indica un alelo (como c.[76A&gt;T)<\/li>\n\n\n\n<li>\u00ab()\u00bb se usa cuando la posici\u00f3n exacta de un cambio no se conoce; el rango de incertidumbre debe ser descrito de forma tan precisa como sea posible y incluido entre los par\u00e9ntesis (como c.(67_70)insG)<\/li>\n\n\n\n<li>la variabilidad en el n\u00famero de secuencias repetidas (como por ejemplo en&nbsp; ATGCGA<strong>TGTGTG<\/strong>CC) se describen indicando el n\u00famero de repeticiones y los nucle\u00f3tidos implicados, as\u00ed como la posici\u00f3n, como c.123+74TG(3_6)<\/li>\n\n\n\n<li>las triplicaciones y cuadruplicaciones se describen como alelos de repeticiones de secuencias cortas; c.87_93[3] describe una triplicaci\u00f3n de 7 nucle\u00f3tidos desde la posici\u00f3n codificante 87 a la 93 (no se nombra como c.87_93tri)<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<p>Cuando existen m\u00faltiples cambios de secuencia en el mismo individuo, deben nombrarse:&nbsp;<\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>dos cambios en la secuencia localizados en distintos alelos, como los existentes en las enfermedades recesivas, se deben describir entre dos conjuntos de corchetes, separados por \u00ab;\u00bb, como en c.[76A&gt;C];[87delG].<\/li>\n\n\n\n<li>dos cambios en la secuencia localizados en el mismo alelo, se deben describir dentro del mismo corchete, separados por \u00ab;\u00bb, como en c.[76A&gt;C; 83G&gt;C]<\/li>\n\n\n\n<li>dos cambios en la secuencia en los que se desconoce su posici\u00f3n en los alelos se deben describir entre corchetes, separados por un punto y coma entre par\u00e9ntesis \u201c(;)\u00bb; c.[76A&gt;C(;)83G&gt;C]<\/li>\n\n\n\n<li>los cambios de secuencia en diferentes genes deben describirse entre corchetes, separados por \u00ab;\u00bb e incluir una refe<em>rencia al gen en el que se encuentra el cambio; DMD:c.[76A&gt;C];GJB:c.[87delG].<\/em><\/li>\n\n\n\n<li>mosaicos: dos nucle\u00f3tidos diferentes en la misma posici\u00f3n de un mismo alelo se describen entre corchetes, separados por \u00ab\/\u00bb; c.[=\/83G&gt;C].<\/li>\n\n\n\n<li>quimeras: dos nucle\u00f3tidos diferentes en la misma posici\u00f3n de un mismo alelo se describen entre corchetes, separados por \u00ab\/\/\u00bb; c.[=\/\/83G&gt;C].<\/li>\n<\/ul>\n<\/div><\/details>\n\n\n\n<details class=\"wp-block-themeisle-blocks-accordion-item\"><summary class=\"wp-block-themeisle-blocks-accordion-item__title\"><div>Transcrito.<\/div><\/summary><div class=\"wp-block-themeisle-blocks-accordion-item__content\">\n<p>En segundo lugar tendremos que buscar el tr\u00e1nscrito en el que se encuadra la variante, ya que la posici\u00f3n que identifica al cambio de nucle\u00f3tido se cuenta desde el inicio de dicho tr\u00e1nscrito. Esto es necesario porque la mayor\u00eda de genes dan lugar a varias mol\u00e9culas de ARN mensajero distintas con longitudes distintas (tr\u00e1nscritos), como mecanismo evolutivo para incrementar la diversidad gen\u00e9tica, que a su vez se traduciran finalmente distintas isoformas de la prote\u00edna que codifica el gen.&nbsp;<\/p>\n\n\n\n<p>Dado el gran n\u00famero de tr\u00e1nscritos existentes, ha sido necesario generar bases de datos espec\u00edficas para poder identificarlos. La m\u00e1s utilizada es RefSeq, que ha indexado todas las mol\u00e9culas biol\u00f3gicas humanas de origen natural basadas en nucle\u00f3tidos (ADN, ARN) y asociadas a una prote\u00edna, codificadas con un n\u00famero \u00fanico para cada registro.<\/p>\n\n\n\n<p>Habitualmente encontraremos el c\u00f3digo del tr\u00e1nscrito en el que se basa la posici\u00f3n del cambio de bases en un cuadro de an\u00e1lisis del informe de la variante detectada, precedido por las letras NM (que se refieren a RNA mensajero). Existen otras categor\u00edas en RefSeq, como NG o NC.<\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image size-full\"><img fetchpriority=\"high\" decoding=\"async\" width=\"467\" height=\"348\" src=\"https:\/\/neuropediatoolkit.org\/wp-content\/uploads\/2023\/08\/imagen-13.png\" alt=\"\" class=\"wp-image-6501\" srcset=\"https:\/\/neuropediatoolkit.org\/wp-content\/uploads\/2023\/08\/imagen-13.png 467w, https:\/\/neuropediatoolkit.org\/wp-content\/uploads\/2023\/08\/imagen-13-300x224.png 300w, https:\/\/neuropediatoolkit.org\/wp-content\/uploads\/2023\/08\/imagen-13-16x12.png 16w\" sizes=\"(max-width: 467px) 100vw, 467px\" \/><\/figure>\n<\/div><\/details>\n\n\n\n<details class=\"wp-block-themeisle-blocks-accordion-item\"><summary class=\"wp-block-themeisle-blocks-accordion-item__title\"><div>Genoma de referencia. <\/div><\/summary><div class=\"wp-block-themeisle-blocks-accordion-item__content\">\n<p>En tercer lugar, deberemos conocer el genoma de referencia que ha sido utilizado para el an\u00e1lisis, puesto que el avance del conocimiento cient\u00edfico conlleva que vayan realiz\u00e1ndose actualizaciones de dicho genoma de referencia. El <strong>consorcio del genoma de referencia<\/strong> es la entidad encargada de mantener, revisar y aceptar las modificaciones en el genoma de referencia que se van proponiendo por parte de la comunidad cient\u00edfica internacional, realiz\u00e1ndose actualizaciones en versiones sucesivas de dicho genoma de referencia. Actualmente se est\u00e1 utilizando la GRCh38 (Genome Reference Consortium human 38).<\/p>\n\n\n\n<p>En las versiones sucesivas se han ido incorporando variantes existentes en las distintas poblaciones humanas, con el objetivo de representar con la mayor exactitud la diversidad gen\u00e9tica global, por lo que el proyecto ha ido increment\u00e1ndose progresivamente en complejidad.<\/p>\n\n\n\n<p>Encontraremos esta informaci\u00f3n habitualmente en los ap\u00e9ndices del informe, incluida dentro del cap\u00edtulo dedicado a la metodolog\u00eda.<\/p>\n<\/div><\/details>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Los informes de resultados de secuenciaci\u00f3n son documentos complejos llenos de datos alfanum\u00e9ricos dificiles de entender sin unas bases generales que nos ayuden a interpretarlos. 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