Sous le concept de séquençage massif ou NGS (séquençage de nouvelle génération), il existe de multiples techniques de diagnostic très complexes qui ont considérablement augmenté les possibilités de diagnostic en neurologie pédiatrique. Nous pouvons les classer selon plusieurs critères.

Critère historique (génération).
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1.
Gupta N, Verma VK. Next-Generation Sequencing and Its Application: Empowering in Public Health Beyond Reality. In: Arora PK, editor. Microbial Technology for the Welfare of Society [Internet]. Singapore: Springer; 2019 [cited 2021 May 2]. p. 313–41. (Microorganisms for Sustainability). Available from: https://doi.org/10.1007/978-981-13-8844-6_15
  • Los métodos de secuenciación de segunda generación se basan en el principio del «séquençage des fusils de chasse«, y requieren la fragmentación del DNA en estudio, pero lamentablemente la longitud de las lecturas es corta (short-read sequencing), por lo que determinados tipos de mutaciones no son identificables (STR, delecciones o duplicaciones, etc.).
  • Les méthodes de troisième et quatrième génération ont été développées dans le but de surmonter cette limitation, c'est pourquoi elles sont également appelées séquençage à lecture longue.
Type de capture.

Le type de capture utilisé est d'une importance clinique fondamentale, car il déterminera, presque plus que le type de technologie utilisée, les décisions cliniques que nous devrons prendre si des résultats diagnostiques définitifs ne sont pas obtenus.

Panneau de gènes.
  • Il s’agit de l’analyse d’un maximum d’environ 200 gènes.
  • Elle permet l’étude de maladies à variabilité génotypique, mais nécessite la génération d’une hypothèse préalable (approche phénotype d’abord).
  • Cela limite considérablement le nombre de constatations non liées au problème étudié, ainsi que les variantes de signification incertaine.
Étude de séquençage clinique/ciblée/de l'exome du mendéliome
  • Il s’agit de l’analyse de toutes les régions codantes (les régions codantes représentent 1 % du génome et accumulent 80 % des variantes pathogènes connues) pour lesquelles des gènes liés à la maladie ont été décrits précédemment (ces gènes dont la fonction est inconnue ne fournissent pas d’informations cliniquement pertinentes même lorsque nous découvrons des variantes pathogènes).
  • Elle permet l'étude sans poser d'hypothèse préalable (approche génotype d'abord), et implique l'analyse de plus de 4000 gènes (en fonction de l'évolution des connaissances scientifiques, actuellement en OMIM dépasse déjà 6000), ce qui équivaut à une taille d'environ 10 Mo.
  • Il permet la détection de variants flanquants non codants (variants dans l’UTR 3′ ou 5′).
  • Il ne permet pas l'utilisation à des fins de recherche de gènes à fonction inconnue, puisqu'ils ne sont pas inclus, ni ne permettra donc la réanalyse de ces gènes, puisque leur séquence n'a pas été obtenue.
  • Une réanalyse des données après plusieurs années peut être intéressante, car le nombre de gènes étudiés fait que les variants pathogènes qui seront découverts dans le futur pourraient ne pas avoir été décrits.
  • Il offre un bon équilibre entre le risque de variantes de signification incertaine et la rentabilité du diagnostic sans augmenter les coûts économiques et de main d’œuvre liés à l’analyse d’un exome ou d’un génome entier.
Etude de séquençage de l'exome.
  • Il permet la détection de variants dans les régions codantes pour les protéines, aussi bien dans les gènes déjà liés à la pathologie que dans ceux dans lesquels il n'a pas été décrit, c'est pourquoi il implique l'analyse de plus de 20 000 gènes, ce qui équivaut à une taille d'environ 100 Mb.
  • Il permet la détection de variants flanquants non codants (variants dans l’UTR 3′ ou 5′).
  • Il permet de formuler des hypothèses de recherche et de découvrir de nouvelles maladies et des fonctions inconnues de gènes qui ne sont pas encore bien décrites à l'heure actuelle.
  • Il permet de réanalyser les données à la recherche de nouvelles connaissances après plusieurs années de réalisation de l'étude sans qu'il soit nécessaire d'obtenir de nouveaux échantillons.
  • Cela augmente considérablement le coût en termes économiques et en termes de travail.
  • Cela augmente considérablement la probabilité de résultats de signification incertaine et de résultats inattendus, c'est pourquoi il est conseillé de réaliser l'étude en trio pour croiser les informations familiales de manière automatisée.
Etude de séquençage du génome.
  • Il permet la détection de tous les variants dans les régions codant pour les protéines.
  • Il permet la détection de tous les variants non codants (introniques profondes, variants dans l'UTR 3' ou 5').
  • Il permet la détection de variants dans les régions réglementaires (enhacers, silencieux, isolants).
  • Il permet la détection de petites délétions ou duplications (exon unique).
  • Il permet la détection de variantes structurelles (translocations, insertions, délétions et leurs points d'arrêt).
  • Il s’agit du processus le plus coûteux en termes économiques et de main d’œuvre.
  • Cela augmente considérablement la probabilité de résultats de signification incertaine et de résultats inattendus, c'est pourquoi il est conseillé de réaliser l'étude en trio pour croiser les informations familiales de manière automatisée.
  • Cela équivaut approximativement à une taille de 3 Go.

Puedes consultar los distintos tipos de captura comercializados para conocer su extensión.

Type de technologie de séquençage
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1.
Gupta N, Verma VK. Next-Generation Sequencing and Its Application: Empowering in Public Health Beyond Reality. In: Arora PK, editor. Microbial Technology for the Welfare of Society [Internet]. Singapore: Springer; 2019 [cited 2021 May 2]. p. 313–41. (Microorganisms for Sustainability). Available from: https://doi.org/10.1007/978-981-13-8844-6_15
  • Il est intéressant de savoir que les méthodes utilisant l'amplification peuvent induire un biais dans l'analyse des séquences riches en GC, en raison des difficultés que rencontre la PCR dans ces régions.

https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-981-13-8844-6_15

https://info.abmgood.com/next-generation-sequencing-ngs